アレー直下の深部構造を反映する周波数１．０Ｈｚ以下（周期１．０ｓｅｃ以上）の微動については、周波数によって多少の変化はあるものの、パワースペクトルの大きさに地域性が見られる。すなわち、甲府盆地北東部から同・中央部（アレー名：Ｋ４，Ｋ５およびＫ６）での微動パワーレベルを基準とする場合、同・北西部から同・中西部（アレー名：Ｋ８およびＫ９）では約１桁小さく、同・南部（アレー名：Ｋ７およびＫ１０）では逆に約１桁大きい。

このことは、比較的速いＳ波速度層（必ずしも地震基盤層とは限らない）が甲府盆地北西部から同・中西部においては浅く（厚く）分布し、同・南部では深く（薄く）分布することを示唆する。微動アレー探査独自の解析結果に基づく地殻構造については、後節５．４．５でも述べる。