島原城の築城が１６１８〜１６２５年であり、割れ目の形成が１７９２年であることから、割れ目に落ち込んだ黒土、及び割れ目中の植物根の年代測定を実施した（図４−６７）。

トレンチ北面の盛土直上の腐植土の年代は西暦１４５０−１６５０年を示す。島原城の築城時の盛土を覆うことから、１６２５年の築城の直後のものと推定される。

一方、トレンチ北面の割れ目に落ち込んだ腐植土の年代は、同位体補正値で１７０±４０ ｙＢＰであった。暦年補正の値は、暦年校正曲線の関係から、西暦１６５０−１８９０年及び１９１０−１９５０年という結果となった。この年代測定結果からは、１６２５年以前の盛土中に、１６５０年以降の腐植土が落ち込んだことを示しており、この割れ目が１７９２年に出来たとする推定と矛盾はしない。

さらに、トレンチ南側の割れ目中の松根については、周囲が炭化して失われているものの、根の中心部は松脂が充填しており、この中心部のセルロースの年代を測定した。その結果は同位体補正値で１８０±４０ ｙＢＰ、暦年補正値が西暦１６５０−１７１０、１７２０−１８８０、１９１０−１９５０年を示した。この年代測定値は、上述したトレンチ北面の割れ目中の腐植土とほぼ同じ結果である。

したがって、割れ目に落ち込んだ腐植土と割れ目中に進入した松根はともに、盛土の築城年代よりも新しいことが示され、１７９２年の地震で割れ目が形成されたとする考えと矛盾しない（図４−６７）。

割れ目が、古文書に示された東西ではなく南北方向である理由としては、現場が南北方向の堀に面していることから、地震動により、石垣全体が側方移動した結果、盛土に南北方向の割れ目ができたものと考えられる。

盛土の造成時の年代を確認する目的で、盛土の−３ｍ盤付近に挟在される腐植土層の年代測定を行った結果は、暦年補正値で西暦８８０〜１０２０年を示した（図４−６６）。これは、築城年代よりも６００〜７４０年も古い年代を示した。盛土の造成時に用土として古い表土等が混入した可能性がある。