平成１６年度調査では、平成１５年度調査で新たに見つかった橘湾西部の断層群の分布範囲の確認及び島原湾内の断層群の分布と性状を確認するために、音波探査を実施した。

このうち、橘湾西部については、断層群の活動性確認のためピストンコアリングによる海上試料採取を実施し、試料分析により断層の活動性評価に関わるに関する調査を行った。