調査地点は島原城の堀に面した石垣の近傍であるため、作業中の安全対策として、作業範囲をフェンスで囲った。

掘削に際して発生する土砂や湧水などに対しては、周辺環境に悪影響を及ぼさないように充分配慮して、仮置きや排水処理を行った。