検鏡は、油浸６００倍または１０００倍で行い、メカニカルステージを用い任意に出現する珪藻化石が２００個体を目安に同定・計数する。なお、珪藻穀が半分以上破損したものについては同定・計数は行っていない。珪藻の同定と種の生態性については、Ｈｕｓｔｅｄｔ（１９３０−１９６６）、Ｋｒａｍｍｅｒ&Ｌａｎｇｅ−Ｂｅｒｔａｌｏｔ（１９８６−１９９１）、Ｄｅｓｉｋａｃｈｉａｒｙ（１９８７）などを参考にする。

同定の結果は、塩分濃度に対する適応性により、海水生、海水〜汽水生、汽水生、淡水生に生態分類し、さらにその中の淡水生種は、塩分、ｐＨ、水の流動性の３適応性についても生態分類し表に示す。また、珪藻は、一般には水域（水中）に生育するが、一部に好気的環境（直接大気に曝された環境）に生育種群が認められ、これらを陸生珪藻と呼んで区別している。本分折では、水生珪藻と陸生珪藻の区分を伊藤・堀内（１９９１）に従い、Ａ群、Ｂ群およびその他の３つに区分している。

珪藻の各生態性（塩分・ｐＨ・流水）に対する適応性の詳細については、まとめて表５−３に示す。

表５−３　珪藻の各生態性（塩分・ｐＨ・流水）に対する適応性