丹波帯中･古生層は山科盆地を囲む山地を形成し、主に砂岩・泥岩の互層からなり一部にチャ−ト、緑色岩が見られる。

大阪層群は主に山科盆地を囲む山地の山麓に見られる。山科盆地南部では丘陵を構成する大阪層群が見られる。山麓に分布する大阪層群は砂および小礫層からなり大阪層群下部層に相当する。丘陵を構成する大阪層群はシルトや粘土層からなり大阪層群中部層に相当すると考えられる。

段丘堆積物は大阪層群分布域およびその前縁に分布している。

扇状地堆積物は山科盆地東側に比較的広く分布する。

沖積層は主に山科盆地中央部および山科川周辺に分布する。