また，出水断層帯については，断層の位置，活動性を把握するとともに，地下の堆積物の分布状況，その年代等を明らかにして，トレンチ調査により得られる成果の内容を検討することを目的に，高尾野町栗毛野地点，出水市宇都野々地点，同市君名川地点等でボーリング調査を実施した。

ボーリング掘削は，掘削外径は８６ｍｍ，コア径６０ｍｍ以上のオール・コアボーリングとし，コア採取率が１００％になるように努めるとともに，コアの品質を地山状態に近づけるために原則として孔口から送水掘りとした。採取したコアは，清掃後，写真撮影，観察，コアの記載を行った上で，試料採取を行った。